Technisat ISIO S1 und S3: Wie externe Festplatten am besten aufräumen?

An beiden Receivern hängen externe Festplatten. Am S3 ist diese in zwei Partitionen unterteilt.
Während die in NTFS-formatierte Partition problemlos läuft, macht die FAT32-formatierte Probleme. Hier gibt es immer mal wieder Aussetzer. Meist friert das Bild ein, der Ton läuft aber weiter. In zwei Fällen fror das Bild mit dem Ton ein und nichts ging mehr. Erst nach Minuten kam ich aus der Ausnahme raus.
Hier hat zwar möglicherweise die Festplatte einen Schuss, doch wegen der unzähligen 1 GB-Dateien denke ich, dass dies Partition anfälliger ist, wenn ich bei Aufnahmen Werbung oder die Teile vor und nach den Sendungen, um die es mir geht, lösche. Da hat sich sicher ein Flickenteppich angesammelt.

Die 1GB-Platte am S1 macht kaum Probleme. Auch hier zwei Partitionen, eine NTFS, eine Technisatformat. Ab und an friert das Bild hier minimal ein oder springt. Aber kein Vergleich zur HDD am S3.

Wie könnte man den am besten beseitigen? Festplatte an PC anschließen und Reinigungsprogramm starten? Oder gibt es entsprechende Funktionen an den Receivern selbst?